國際趨勢文章分享-近兩年常用於現地調查整治之分子生物技術(106/03)2017/07/20
近兩年常用於現地調查整治的分子生物技術分為兩大類,一為微生物社群結構分析,如次世代定序(Next-generation sequencing, NGS);另一則為目標基因定量,如qPCR和LAMP等技術。 在菌相結構分析方面,NGS為近年常用的技術之一,以16S rDNA或功能性基因序列建立微生物資訊資料庫(microbial information database),來獲得細菌/古細菌之族群結構或基因多樣性的資訊。 而在目標基因定量方面,qPCR為目前定量分析最可靠的環境分子生物技術之一,此技術為對基因(DNA)或基因表現(cDNA)進行定量分析,廣泛應用於環境微生物族群及功能性基因的監測 (Smith and Osborn, 2009)。近年來,Loop-mediated isothermal amplification (LAMP)為開始受到關注的快速定量技術,此方法主要使用4-6支primers和Bst聚合?在60-65oC下進行一階段的目標DNA序列放大。
其優點為一為LAMP可使用於多種便宜的分析平台如real-time turbidimeters、microfluidic chips (如Gene-Z)、電化學或超音波傳感器;二為這些分析平台可搭配不同的反應藥劑來偵測目標的基因片段;三則為分析時間短,LAMP的分析時間小於1小時,快於qPCR的1.5小時。此外,LAMP的偵測極限可達到小於107 gene copies/L,為現地污染場址中污染自然衰退所需要的菌群數量之可接受範圍 (Kanitkar et al., 2016)。 應用LAMP結合SybrGreen法於進行脫氯反應整治的地下水樣本,可檢測到tceA和vcrA基因約105 gene copies/L (Kanitkar et al., 2017)。
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1.
2017-3 monthly report_formal.pdf